Я оформляю возврат авиабилета, который частично оплатил баллами. Будут ли эти баллы учтены в штрафе за возврат?

Да, но не в первую очередь.

Если вы отменяете заказ, который частично оплатили бонусами, баллы возвращаются на ваш бонусный счёт после удержания всех штрафов и сборов за отмену заказа. При этом в качестве штрафа в первую очередь удерживаются «живые» деньги, которые вы потратили при оплате заказа. Если их не хватает — удерживаются бонусные баллы, потраченные при оплате заказа. И уже оставшиеся баллы возвращаются на бонусный счёт.